Ante la presión pública y el "interés sordo" de las autoridades, se aceptó que el fenómeno OVNI merecía un estudio minucioso, y por ello se implementaron los siguientes proyectos de investigación:

• Proyecto “Signo” (Project Sign) - Enero de 1948.
  Encomendado a la División de Inteligencia del Comando de Equipo Aéreo de la Fuerza Aérea en Wright Field (Wright Patterson Air Force Base), ubicada en Daiton Ohio. Objetivo: Recolección, evaluación, y distribución entre las Agencias, la información referente a avistamientos OVNI.

• Proyecto “Inquina” (Project Graudge) – Febrero de 1949.
  Este proyecto es una prolongación del Proyecto Signo.
  Objetivo: Investigación a los testigos de los avistamientos.
• Proyecto Libro Azul (Project Blue Book) – Marzo de 1949.
  Es uno de los proyectos que se consideraron abiertos hasta aproximadamente finales de la década de los sesentas; para la recepción e investigación de información OVNI entre otras cosas.
  Objetivo: Recolección y estudio de datos sobre avistamientos OVNI.

Los resultados de estos estudios, fueron que los objetos voladores no identificados eran un producto de fenómenos ambientales. Después de ello se inició todo un proceso de relaciones públicas, encaminado a reducir la importancia y validez de los ovnis, y con ello se intensificó un especie de  resentimiento de la población civil, hacia las instituciones militares; por su aparente apatía y probable encubrimiento del fenómeno.

Los avistamientos siguieron en gran escala haciéndose famosos, sobre todo aquellos en los que intervenían personal militar con un entrenamiento que les daba algo de credibilidad, siendo ejemplos de ellos los siguientes tomados entre muchos:
El Primer Teniente Edward B. Wilford III instructor de aviones a reacción, vio un Laredo Texas, EUA a bordo de un T-33 que vio un OVNI de color oscuro en forma de cigarro.
El 23 de noviembre de 1953 la tripulación de un F-89 de la base aérea de Kinross, Michigan , salió en persecución de un OVNI, no regresando de su misión.

El 25 de Octubre de 1955 sale a luz un comunicado de prensa del Departamento De Defensa que resume de manera terminante la posición de los militares americanos ante el fenómeno; asegurando no haber encontrado evidencia alguna de la supuesta existencia de los platillos voladores, y  achacando los avistamientos a confusiones con fenómenos naturales y con los nuevos adelantos en la tecnología del diseño y aviación.
Siguió a ello una campaña fuerte de desprestigio del fenómeno, utilizando sobre todo al Astrónomo Donald Menzel, quién aportó todo un conjunto de conclusiones al público interesado, en una serie de libros que desvirtuaban el fenómeno. Aun con este cerco de descrédito, y estereotipado como propio de gente soñadora, ignorante, o crédula, solo en 1952 se reportaron 250 informes de platillos voladores, aparte de los 1500 reportados desde 1947.

Circulan copias de memorandos que los medios oficiales declaran como falsos, en los que involucran al presidente J. Edgar Hoover, como enterado de información sobre ovnis e incluso un informe especial basado en las operaciones sobre el incidente de Roswell llamado Majestic 12, en el que se involucra al entonces presidente J. Truman y Eisenhower.

• Proyecto Majestic -12 (Project M12) – 1947.
  Es uno de los proyectos mas controvertidos porque se duda incluso de su existencia en su tiempo. Este proyecto es más bien manejado por ufólogos quienes basados en documentos que hoy se presumen falsos, han tratado de convencer a la opinión pública sobre la verdad del proyecto.
  Objetivo: El estudio de naves y entes extraterrestres accidentados. El documento más socorrido es un resumen preparado para una reunión entre el Presidente Saliente de EUA Harry Truman, y el entrante Dwight Einsenhower (Nov. 1952), llamado "Hillenkoetter", en el que se supone contenía principalmente los siguientes puntos:

1.-La recolección de una nave no terrestre clasificada como de reconocimiento de alienígenas.

2.-Estudio sobre una forma de vida tipo humanoide encontrada junto a la nave accidentada en el desierto (cuatro humanoides), siendo el Dr. Bronk encargado del estudio en el que las criaturas encontradas no eran del género Homo-Sapiens bautizándolos con el nombre de EBE (Entidad biológica extraterrestre).

3.-Reporte de investigación sobre el sistema de propulsión de la nave, con resultados negativos (nulos).

4.-Estudio sobre seguridad nacional ante el desconocimiento de las intenciones de los visitantes.

El contenido del proyecto y sumario, salió a luz en 1984,  proveniente de rollos fotográficos recibidos por correo por un productor cinematográfico de nombre Jaime H. Shandera , en el que venía supuestamente documentos fotografiados clasificados como altamente confidenciales ("Eyes only"), por el Gobierno de Estados Unidos, referentes a ovnis.

Phillip Klass periodista de profesión, emprendió una investigación sobre estos documentos, llegando a la conclusión de que eran falsos; entre otras cosas por no coincidir el tipo de letra de la máquina usada para mecanografiar los documentos en cuestión con los usados en el tiempo cuando se supone se efectuaron, y por observar como la firma del documento era una fotocopia proporcionalmente idéntica con otra, lo que resulta prácticamente imposible.
Con estas evidencias inculpadoras William Moore, colaborador principal de Shandera y responsable de la difusión de los documentos, en el Congreso MUFON celebrado en Julio de 1989 declaró; ser solo un agente desinformador anti-OVNI de la Oficina de Investigaciones Especiales de la Fuerza Aérea (AFOSI).

El caso oficialmente se cerró con la información sacada a luz del Proyecto Mogul ante la solicitud de Steven Shiff, Senador por el estado de Nuevo México ante la General Accounting Office (GAO), en un trabajo de auditoria de las políticas del Departamento de Defensa para retener información sobre el tema.
Los documentos retenidos y clasificados como “Top secret” se referían a “pruebas de nivel constante” en la Base de la AAF de Álamo Gordo (Base Holloman – USAF), y en White Sands, usando para ello aparatos metereológicos diseñados para detectar ondas de choque generadas por explosiones nucleares Soviéticas.

El fenómeno OVNI continuó presentándose ante el hermetismo y aparente desinterés de las autoridades. Los ufólogos por su parte trataron de probar que había secretos militares y de inteligencia que se guardaban con clasificación de "alto secreto" (Top secret), "solo para tus ojos" (Only eyes), etc. entre ellos uno que se llamaba "Snowbird" y que consistía en tres hojas, y efectuado como un sumario o resumen de un proyecto llamado "Aquarius". En este proyecto se supone se revelaba que los militares de Estados Unidos o solo poseían naves extraterrestres recuperadas de accidentes, y cuerpos de alienígenas; sino también que el Gobierno había tenido contacto directo con seres extraterrestres vivos.

Una copia de este documento (Snowbird), llegó a manos del Sargento de Primera clase Clifford Stone, de parte de un informante anónimo. El documento en cuestión fue enviado al Senador Pete V. Domenici y este a su vez lo dirigió a la Agencia Nacional de Seguridad (ANS), solicitando un cotejo y análisis del documento,  para saber la validez oficial del mismo. La respuesta recibida fue por vía telefónica en el sentido de que ese documento atentaba contra la política de la seguridad nacional, y además se rehusaba contestar oficialmente cualquier pregunta sobre su validez.